Phủ Kyoto nằm gần như tại trung tâm của đảo Honshū và của Nhật Bản. Diện tích 4612,71 km², chiếm 1,2% diện tích Nhật Bản. Phủ Kyoto lớn thứ 31 trong tổng số 47 đô đạo phủ huyện của Nhật Bản.